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発表・掲載日:2011/12/12

4省の生命科学系データベース合同ポータルサイトintegbio.jpを開設

-オールジャパン体制へ-


概要

 科学技術振興機構(JST)、医薬基盤研究所(NIBIO)、農業生物資源研究所(NIAS)、産業技術総合研究所(AIST)は、内閣府総合科学技術会議の議論を受けて平成23年12月12日(月)に文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省が取り組む生命科学系データベースの統合化の方針や成果を紹介する合同ポータルサイト「integbio.jp」(インテグバイオ)を共同で開設しました。

 生命科学におけるデータベースは、例えばiPS細胞作製の成功には遺伝子データベースの情報が不可欠であったように、研究のインフラとして世界中で活発に開発、利用されています。その結果、現在では多数のデータベースが乱立しており、それを使いやすくするための統合化が重要な課題となっています。日本でも、生命科学に関係した各省で統合化に向けた取り組みが平成18年頃から始まりました。当初は各省で独自に進めていたデータベースの統合化をオールジャパンの体制で進めるために、内閣府の主導のもと各省の協力体制を構築して、平成23年度からは4つのステップ(カタログ、横断検索、アーカイブ、再構築)に沿って進めています。

 最初のステップ「カタログ」は、データベース単位のリンク集です。しかしリンクだけでは、ユーザーはデータベースごとに検索しなければなりません。「横断検索」は、複数のデータベースの中身を一括してキーワード検索するものです。これにより、ユーザーは1つの窓口から入ってデータベースを検索できるようになります。「アーカイブ」は、データベースのフォーマットの統一と権利関係の整理などにより、データベースのダウンロードと再利用を可能にするものです。「再構築」は、複数のデータベースが有機的に組み合わされることによって、「横断検索」よりもさらに高度な検索、例えば「ヒトのあるタンパク質に結合する低分子を花粉に含む植物」のような検索をユーザーが行えるものです。この「再構築」では、情報技術や計算機資源、データを整理する手間などの問題に加えて、データベースを改変する権限の有無も問題となるため、これらを1つずつ解決していく必要があります。

 合同ポータルサイトでは、4省が協調・連携して取り組んでいる「カタログ」、「横断検索」、「アーカイブ」の方針と成果についてまとめています。また、データベースの統合化に関するシンポジウムや講習会、展示会の情報を発信して、この取り組みに対する研究コミュニティーの関心や理解が深まるよう努めていきます。これにより、今まで4省で独自に進められてきたデータベースへの取り組みが1つにまとまり促進されると期待されます。

 ポータルサイトURL:http://integbio.jp/


4省の生命科学系データベース合同ポータルサイトintegbio.jpの概要

1.背景

 現代の情報社会でデータベースは、住所録から銀行の取引まであらゆる分野で作られ、積極的に活用されています。生命科学においても、データベースは研究に不可欠なインフラとして世界中で活発に開発、利用されています。その結果、現在では多数のデータベースが乱立しており、それを使いやすくするための統合化が重要な課題となっています。日本では、第3期科学技術基本計画(平成18年3月28日閣議決定)に基づいて総合科学技術会議が策定した、ライフサイエンス分野の推進戦略における戦略重点技術の1つとして「世界最高水準のライフサイエンス基盤整備」が掲げられました。また、科学技術連携施策群「生命科学の基礎・基盤」補完的課題「生命科学データベース統合に関する調査研究」注1)の報告を受けて、生命科学に関係した文部科学省、農林水産省、経済産業省では、統合化に向けた取り組み注2)が、平成18年頃から平成22年度まで実施されました。これらの取り組みは、当初は各省で独自に進めていました。しかし、データベースの統合化をオールジャパンの体制で進めるために、内閣府総合科学技術会議のもとに統合データベースタスクフォース(座長:五條堀 孝 国立遺伝学研究所 副所長)が設置され、平成21年5月に報告書がまとめられました。そこで示された方針をもとに、省の協力体制を構築して、平成23年度より4つのステップ(カタログ、横断検索、アーカイブ、再構築)を統合データベースタスクフォース報告書に示されたロードマップに沿って進めています(図1)。

2.内容

 今回、JSTバイオサイエンスデータベースセンター、NIBIOバイオインフォマティクスプロジェクト、NIAS農業生物先端ゲノム研究センター、およびAISTバイオメディシナル情報研究センターは、4省の生命科学系データベース合同ポータルサイトを開設しました。合同ポータルサイトでは、4省が協調・連携して取り組んでいる「カタログ」、「横断検索」、「アーカイブ」の方針と成果についてまとめています(図2)。

 その他にもデータベースの統合化に関するシンポジウムや講習会、展示会などを、イベントカレンダーを用いて紹介しています。このような公開イベントの情報を発信して、データベースの統合化に対する研究コミュニティーの関心や理解が深まるよう努めていきます。

3.今後の展開

 今後もJSTバイオサイエンスデータベースセンター、NIBIOバイオインフォマティクスプロジェクト、NIAS農業生物先端ゲノム研究センター、AISTバイオメディシナル情報研究センターは、内閣府総合科学技術会議の示す方針に従い、合同ポータルサイトの内容を充実させ、4省が協調・連携して取り組んでいる「カタログ」、「横断検索」、「アーカイブ」をさらに進めます。このような連携により、将来的には「再構築」が達成され、日本のデータベースが統合化されいっそう使いやすくなることが期待されます。本ポータルサイトは、平成23年度に開始した、JST「ライフサイエンスデータベース統合推進事業」、農林水産省「画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備」、経済産業省「ライフサイエンスデータベースプロジェクト」の支援を受けています。

 なお、平成23年5月に総合科学技術会議統合データベース推進タスクフォース(座長:郷 通子 長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部 特別客員教授)が開催され、その場において、今後も総合科学技術会議において平成26年度以降のデータベース統合の推進のあり方について検討することが確認されています。

データベース統合化の4つのステップの図
図1:データベース統合化の4つのステップ

4省の生命科学系データベース合同ポータルサイトのトップページの図
図2:4省の生命科学系データベース合同ポータルサイトのトップページ

用語の説明

◆注1)科学技術連携施策群「生命科学の基礎・基盤」補完的課題「生命科学データベース統合に関する調査研究」
平成17年度~19年度に日本の生命科学系データベースの現状について行われた調査研究。日本の生命科学研究の情報基盤として、生命科学に関係する文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省によって、省の枠を超えた4省統合データベースの構想が提案された。(研究代表者:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 大久保 公策 センター長・教授)
(参照 http://lifesciencedb.jp/sciencepolicy/report/200510102007rr.pdf[参照元へ戻る]
注2)文部科学省、農林水産省、経済産業省におけるプロジェクト
(1)文部科学省委託開発研究事業「統合データベースプロジェクト」
 散在する種々の生命科学系データベースや文献などをユーザーにとって分かりやすく、使いやすくしようという文部科学省の事業。平成18年度~22年度に情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンターを中核的な機関として、国内の15の大学や研究機関が実施。

(2)農林水産省委託プロジェクト研究「農林水産生物ゲノム情報統合データベースの構築」
 農林水産省の研究の成果として公開しているイネ、カイコ、家畜など農林水産生物のゲノムや遺伝子の情報などを統合したデータベースを構築し、より価値の高い情報を発信することを目的とした事業。平成18年度~22年度にNIAS農業生物先端ゲノム研究センターが実施。

(3)経済産業省産業技術研究開発「統合データベースプロジェクト」
 経済産業省の関連機関により実施された生命科学分野の研究開発プロジェクトの成果のうち、データベースに関する情報提供サイトMEDALSを構築し、運用する事業。平成20年度~22年度にAISTバイオメディシナル情報研究センターとバイオ産業情報化コンソーシアムが実施。 [参照元へ戻る]



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