この度、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム（ＪＢＩＣ、中央区八丁堀、会長：平田正）、独立行政法人産業技術総合研究所（ＡＩＳＴ、千代田区霞ヶ関、理事長：吉川弘之）生物情報解析研究センター（ＢＩＲＣ/ＡＩＳＴ、江東区青海、センター長：渡辺公綱）、国立遺伝学研究所生命情報・ＤＤＢＪ*1研究センター（ＣＩＢ－ＤＤＢＪ/ＮＩＧ、静岡県三島市、センター長：五條堀孝）は、完全長ヒトcDNAに基づくヒト遺伝子統合データベース[H－Invitational Database；http://www.h-invitational.jp]を全世界に一斉同時公開致します。このデータベースは4月16日午前11時から試験公開を開始し、4月20日午前0時から本運用を開始しました。
このデータベースは、「精査されたヒト遺伝子の世界最大のデータベース」であり、国際標準化を実質的に果たした「ヒト遺伝子の機能情報カタログ」とも言うべき存在です。従来のゲノムプロジェクトにみられる予測された遺伝子配列に加えて、遺伝子発現が実験的に確認されているmRNAから作成された完全長ヒトcDNA配列の情報に基づいて作成されたデータベースであるため、信頼性の高い多様な情報が含まれています。それゆえ、このプロジェクトは、「もうひとつのゲノムプロジェクト」と呼ばれています。
このデータベースは、遺伝子の伝えるもの、すなわち、生命の仕組みを理解するのに役立つことはもちろん、その波及効果として、病因解明とその対策、創薬といった我々の健康増進や産業化に役立つことも期待されます。
本研究成果は、4月20日に国際学術雑誌ＰＬｏＳ Biologyホームページ (www.plos.org)においても発表されました。
*1日本DNAデータバンクの略
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H-Invitational Databaseのサンプル画面。遺伝子構造や機能予測などの有用な情報だけでなく、外部のデータベースへのリンク（黒で表示）も多数用意されています。
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完全長ヒトcDNAは、コンピュータ予測だけでは確定しないゲノム上のヒト遺伝子を実験的に同定する効率的な方法として知られています。わが国では、かずさＤＮＡ研究所の先導的でユニークな長鎖cDNAプロジェクト、および経済産業省主導で行われた国家プロジェクトである完全長ヒトcDNAプロジェクト(ＦＬプロジェクトと略称される。ＦＬプロジェクトはバイオテクノロジー開発技術研究組合受託のＮＥＤＯ事業として実施された。ＦＬプロジェクトでは、東京大学医科学研究所・へリックス研究所・かずさＤＮＡ研究所がcDNA資源を提供し、バイオテクノロジー開発技術研究組合に集う10数社の企業が分担して解析を行った)により、世界中のこの種のデータの約60％以上を占めるという高い貢献率を誇っています。2002年には、五條堀孝、今西規、菅野純夫（東京大学医科学研究所教授）、野村信夫（生物情報解析研究センター副センター長）らが、わが国におけるこれらの貢献率とバイオインフォマティクス技術の先進性を背景に、世界の他の大量データ生成拠点である米国保健研究センター（ＮＩＨ）・エネルギー省（ＤＯＥ），ドイツがんセンターＤＫＦＺ、中国上海ゲノムセンターに対し、完全長ヒトcDNAの配列情報とヒトゲノム配列との対応や機能予測などの有用情報の付加、全ヒト遺伝子の同定、およびその国際的標準化を目指して、超大型のアノテーション・ジャンボリーといわれるワークショップをわが国主導で開催することを呼びかけました。その結果、世界中のほぼすべてにあたる約42,000本にのぼる完全長ヒトcDNAの配列情報収集に成功しました。これらの完全長ヒトcDNAの配列情報に対し、国内外、計44の著名な研究機関から約120名の研究者が東京・臨海副都心に結集し、2002年の8月末から9月初めにかけ10日間にわたって、研究史上世界最大のヒト遺伝子「アノテーション・ジャンボリー大会（H-インビテーショナル）」を行うことができました。この大会の成果を、生物情報解析研究センターと国立遺伝学研究所ＤＤＢＪの研究者が1年以上もかけて精査するとともに、更新を適宜できるようにして、この度、ついにわが国から世界中に発信公開することにこぎつけました。これらの成果は学術論文にもまとめられ、著者158名による大論文として4月20日に、新しい大型の国際学術雑誌ＰＬｏＳ Biology (www.plos.org)に掲載されました。
我々は、このデータベース構築とその研究の過程において、現在世界で流通している最大のヒト遺伝子カタログ（ＲｅｆＳｅｑ）に含まれない5,155個もの新規ヒト遺伝子候補、および数多くのヒト機能性RNAの同定に成功する等、種々の新発見を見い出しております。この世界最大のヒト遺伝子統合データベースは、生命の仕組みを理解するのに役立つことはもちろんのこと、がんなどの病因解明とその対策、創薬に向けての産業化や健康増進ための基礎情報の提供などに幅広く役立つことが期待されます。
このデータベースは、日本政府国家プロジェクトのミレニアムゲノムプロジェクトの一環として、国立遺伝学研究所 生命情報・ＤＤＢＪ研究センターの協力のもと、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアムと独立行政法人産業技術総合研究所の生物情報解析研究センター統合データベース解析グループにおいて2000年度より24.6億円を投じて構築されています。また、当研究チームでは、機能アノテーションを付与した今回の約4万2千の完全長ヒトcDNAクローンについて、その塩基配列及び機能アノテーション情報の公開だけでなく、完全長ヒトcDNAクローンそのものについても、国内外の希望者が利用できるように体制を整えています。
全44機関、12カ国 （順不同）
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日本 (19)
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産業技術総合研究所・生物情報解析研究センター
(社)バイオ産業情報化コンソーシアム・生物情報解析研究センター
(財)かずさDNA研究所#
日本原子力研究所
理化学研究所
産業技術総合研究所・生命情報科学研究センター
国立遺伝学研究所
国立感染症研究所
東京大学#
京都大学
東京医科歯科大学
大阪大学
慶応大学
東京工業大学
名古屋大学
九州大学
(株)リバース・プロテオミクス研究所
(株)日立製作所・中央研究所
大正製薬(株)
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アメリカ (9)
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Department of Energy
The Institute for Genomic Research
Medical College of Wisconsin
Lawrence Berkeley National Laboratory
National Cancer Institute#
National Center for Biotechnology Information
The Pennsylvania State University
University of Cincinnati
University of Iowa
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英国 (4)
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European Bioinformatics Institute
The Human Genome Organisation Gene Nomenclature Committee
Sanger Institute
University College London
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ドイツ (3)
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Deutsche Krebsforschungszentrum#
German Resource Center for Genome Research
Munich Information Center for Protein Sequences
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スウェーデン (2)
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Karolinska Institute
Royal Institute of Technology
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フランス (1)
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Centre National De La Recherche Scientifique
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中国 (1)
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Chinese National Human Genome Center#
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韓国 (1) |
Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology |
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ブラジル (1) |
Ludwig Institute of Cancer Research |
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オーストラリア (1) |
Murdoch University |
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南アフリカ共和国 (1) |
South African Bioinformatics Institute |
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スイス (1) |
Swiss Institute of Bioinformatics |
#完全長ヒトcDNA資源提供機関。この他に、旧へリックス研究所からも、完全長ヒトcDNA配列情報が提供された。