Vol.1 No.2 2008

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研究論文:タンパク質のネットワーク解析から創薬へ(家村ほか)−129 Synthesiology Vol.1 No.2(2008)究センター主任研究員。本論文では質量分析計を用いたタンパク質相互作用の大規模解析に従事。直ぐに失われてしまうような微量タンパク質複合体の精製技術を開発し、クリーンルームにおけるハイスループット解析システムの構築と運用を担当した。夏目 徹(なつめ とおる)4大学1企業1国研、合計9研究室を渡り歩いた後、2001年産総研入所。東大・九大・首都大客員教授。2006年よりNEDOケミカルバイオロジープロジェクト・プロジェクトリーダー。1986年東京大学大学院修士課程修了。タンパク質相互作用解析を極めることがライフワーク。本論文ではダイレクトナノLCの開発を担当した。査読者との議論 議論1 要素技術の統合について質問(湯元 昇)本論文のオリジナリティーは、「タンパク質のネットワーク解析のために超高感度質量分析システムを構築する」という目標に対して、①送液系の新しいシステム構築、②解析環境の改善、③デッドボリュームを極小化した分析流路の調製、④サンプル調製の至適化という要素技術の統合化に成功したことがあげられます。②③④についても①と同様に詳述し、選択した要素技術をどのように統合して目標を実現したのかを記述して下さい。回答(夏目 徹)②③④にかけての技術は基本的にノウハウの蓄積や他からの技術の導入であり、既存のものの組み合わせとその最適化であるため、単なる苦労話となる恐れがあるため割愛しました。しかし、ご指摘の通り重要であると考え、論文の内容がぼけないよう最小限の内容を追加しました。議論2 研究目標と社会とのつながりについて質問(一條 久夫) 課題の解決に向けた研究は非常に詳しく説得力がありますが、「研究目標と社会とのつながり」、「結果の評価と将来の展開」が若干不足しているように感じます。「タンパク質ネットワーク解析を大規模・高精度に行い、疾患の発症メカニズムや新規創薬ターゲットを発見する」という目標が一部達成されていることをもう少し詳しく記されると分かり易くなるのではないでしょうか。回答(夏目 徹)新規創薬ターゲットの発見についての具体的な内容を、Nature誌に発表したプロテアソームのアッセンブル因子を例に取り具体的に記述しました。(受付日 2008.1.17,改訂受理日2008.2.8)執筆者略歴家村 俊一郎(いえむら しゅんいちろう)1991年鹿児島大学大学院農学研究科(農芸化学専攻)修士課程修了。1999年理学博士(基礎生物学研究所・分子生物機構論専攻)。2002年産業技術総合研究所入所。現在、バイオメディシナル情報研[7] [8][9] [10] [11] [12][13][14][15]SPAK and OSR1. J. Biol. Chem., 280(52), 42685-42693 (2005).K. Yoshida, T. Yamaguchi, T. Natsume, D. Kufe and Y. Miki : JNK phosphorylation of 14-3-3 proteins regulates nuclear targeting of c-Abl in the apoptotic response to DNA damage. Nat. Cell Biol., 7(3), 278-285 (2005).A. Hishiya, S. Iemura, T. Natsume, S. Takayama, K. Ikeda and K. Watanabe : A novel ubiquitin-binding protein ZNF216 functioning in muscle atrophy. Embo J., 25(3), 554-564 (2006).T.S. Kitajima, T. Sakuno, K. Ishiguro, S. Iemura, T. Natsume, S.A. Kawashima and Y. Watanabe : Shugoshin collaborates with protein phosphatase 2A to protect cohesin. Nature, 441(7089), 46-52 (2006).J. Hamazaki, S. Iemura, T. Natsume, H. Yashiroda, K. Tanaka and S. Murata : A novel proteasome interacting protein recruits the deubiquitinating enzyme UCH37 to 26S proteasomes. Embo J., 25(19), 4524-4536 (2006).Y. Hirano, H. Hayashi, S. Iemura, K.B. Hendil, S. Niwa, T. Kishimoto, M. Kasahara, T. Natsume, K. Tanaka and S. Murata : Cooperation of multiple chaperones required for the assembly of mammalian 20S proteasomes. Molecular cell, 24(6), 977-984 (2006).H. Iioka, S. Iemura, T. Natsume and N. Kinoshita : Wnt signalling regulates paxillin ubiquitination essential for mesodermal cell motility. Nat. cell biol., 9(7), 813-821 (2007).R.H. Lee, H. Iioka, M. Ohashi, S. Iemura, T. Natsume and N. Kinoshita : XRab40 and XCullin5 form a ubiquitin ligase complex essential for the noncanonical Wnt pathway. Embo J., 26(15), 3592-3606 (2007).M. Komatsu, S. Waguri, M. Koike, Y.S. Sou, T. Ueno, T. Hara, N. Mizushima, J. Iwata, J. Ezaki, S. Murata, J. Hamazaki, Y. Nishito, S. Iemura, T. Natsume, T. Yanagawa, J. Uwayama, E. Warabi, H. Yoshida, T. Ishii, A. Kobayashi, M. Yamamoto, Z. Yue, Y. Uchiyama, E. Kominami and K. Tanaka : Homeostatic levels of p62 control cytoplasmic inclusion body formation in autophagy-deficient mice. Cell, 131(6), 1149-1163 (2007).夏目徹 : 日本におけるケミカルバイオロジープロジェクト, ファルマシア, 42(5), 457-461 (2006).(48)−

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