2012年研究カタログ
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研究のポイント研究のねらい研究内容連携可能な技術・知財図2) JCGGDB連携・統合化アライアンス図1)4つの検索インターフェース(左:キーワード、右:構造)● 糖鎖構造検索技術(2種類)、糖鎖関連物質のカタログ化●糖タンパク質解析のインフォマティクス技術●糖鎖構造情報の取り扱い方法● 既知の糖鎖構造の立体情報(MOLファイル, SMILESなどの形式)サイト:http://jcggdb.jp謝辞: 本研究の一部は、JST/NBDCの統合化推進プログラムと産総研RIO-DBの支援を受けています。 糖鎖(N型糖鎖、O型糖鎖、GAG、糖脂質、配糖体など)に関連したデータを収集しています。構造に付随した生理活性機能や酵素の阻害剤などの情報も論文から収集しています。ユーザが目的の構造を検索できるように単糖のシンボルを利用した検索や、有機化学合成物などを化学構造式から検索ができます。キーワード検索の技術開発においては、DBや論文で共起する単語を利用して目的の情報にアクセスできるように改良を重ねています。さらに共起を利用して単語間の関連性を抽出する技術開発も行っています。 糖鎖に関する情報は未だに少なく網羅性に欠けています。産総研ではタンパク質の糖鎖付加位置を同定しデータベース化しています。独自の実験により得られた情報をDBにするだけではなく論文で報告されている情報も集め、DB化しています。これまでに構築したDBの連携と統合化を行っております。糖鎖以外の領域との連携に重点を置きながらデータ収集を行っているため、データ間の関連性が充実し、ユーザが選択した1つのキーワードから必要な情報に簡単にたどり着けるように検索の技術開発を行っています。 ●タンパク質の糖鎖付加位置やレクチンと糖鎖の相互作用などのデータを公開 ●糖鎖に関連する国内にある全てのデータベースを検索 ●DBを連携・統合化することでDB間の関連性が増し、様々な情報にリンク■ 研究担当:鹿内俊秀 ■ 糖鎖医工学研究センタ- マーカー探索技術開発チーム■ 連携担当:後藤雅式 /小高正人 日本糖鎖科学統合データベースの構築● 研究拠点つくば中央149ライフサイエンス分野第6会場L-70L-70

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