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研究部門からの派生ないし社会からの要請に応じて、特定の課題を解決するための技術、知識を早期に産み出すことを主目的に、研究ユニット長の強いリーダーシップのもと、３〜７年の期限で集中的に研究を進める。
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環境・エネルギー分野 | ||
| 新燃料自動車技術研究センター | 代表電話：029-861-7265 | 所在地：つくば | |
| メタンハイドレート研究センター | 代表電話：011-857-8945 | 所在地：北海道 他 | |
| コンパクト化学システム研究センター | 代表電話：022-237-5208 | 所在地：東北 | |
| 先進パワーエレクトロニクス研究センター | 代表電話：029-861-5050 | 所在地：つくば | |
| 太陽光発電工学研究センター | 代表電話：029-861-5110 | 所在地：つくば 他 | |
| バイオマスリファイナリー研究センター | 代表電話：082-420-8250 | 所在地：中国 | |
| 触媒化学融合研究センター | 代表電話： | 所在地：つくば | |
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ライフサイエンス分野 | ||
| 糖鎖医工学研究センター | 代表電話：029-861-3253 | 所在地：つくば | |
| 生命情報工学研究センター | 代表電話：03-3599-8080 | 所在地：臨海副都心 | |
| 幹細胞工学研究センター | 代表電話：029-861-2529 | 所在地：つくば | |
| 創薬分子プロファイリング研究センター | 代表電話： | 所在地：臨海副都心 | |
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情報通信・エレクトロニクス分野 | ||
| ネットワークフォトニクス研究センター | 代表電話：029-861-5254 | 所在地：つくば | |
| デジタルヒューマン工学研究センター | 代表電話：03-3599-8201 | 所在地：臨海副都心 | |
| ナノスピントロニクス研究センター | 代表電話：029-861-5433 | 所在地：つくば | |
| サービス工学研究センター | 代表電話：03-3599-8973 | 所在地：臨海副都心 他 | |
| フレキシブルエレクトロニクス研究センター | 代表電話：029-861-4516 | 所在地：つくば | |
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ナノテクノロジー・材料・製造分野 | ||
| ナノチューブ応用研究センター | 代表電話：029-861-4551 | 所在地：つくば | |
| 集積マイクロシステム研究センター | 代表電話：029-861-7100 | 所在地：つくば | |
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計測・計量標準分野 | ||
| 生産計測技術研究センター | 代表電話：0942-81-3646 | 所在地：九州 | |
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地質分野 | ||
| 活断層・地震研究センター | 代表電話：029-861-3691 | 所在地：つくば | |
